La loi de décentralisation de 2004 a modifié de manière importante depuis le 1er janvier 2007 l'organisation des ports maritimes français.
Les ports de commerce les plus importants ou desservant les départements d'outre-mer restent sous la responsabilité de l'Etat : en métropole et en Guadeloupe, ils ont le statut de ports autonomes ; en Martinique, Guyane et à la Réunion, leur gestion est concédée par l'Etat aux chambres de commerce. Tous les autres ports relèvent, en application des lois de décentralisation de 1983 et 2004 des collectivités locales ou territoriales : principalement des régions mais aussi des départements ou de syndicats mixtes pour les ports de commerce ; des départements pour les ports de pêche et des communes pour les ports de plaisance : leur gestion est en règle générale concédée aux chambres de commerce et d'industrie.

Dans les territoires d'outre-mer, les ports de commerce sont sous la responsabilité de la collectivité territoriale compétente.

Les ports autonomes sont des établissements publics de l'Etat ; ils exercent la fonction d'autorité portuaire : régulation et police du trafic maritime dans les zones portuaires et leurs accès, par le biais des capitaineries, aménagements et entretien des infrastructures portuaires, coordination des services de l'Etat exerçant leur compétence sur le domaine portuaire...
Ils exercent en outre en règle générale des fonctions industrielles et commerciales : gestion d'outillages (grues, portiques...) et d'équipements, participation dans des sociétés opérant sur le port ou dans sa desserte terrestre....

Ils sont dotés d'une autonomie financière et sont gérés par un conseil d'administration, qui élit son président, et un directeur général nommé par l'Etat.
En métropole, les conseils d'administration des ports autonomes maritimes ont 26 membres représentant l'Etat, les collectivités locales et territoriales, les entreprises portuaires, les milieux économiques, et les personnels travaillant sur le port.

Dans les ports décentralisés, le rôle d'autorité portuaire est assuré par la collectivité territoriale compétente. Les pouvoirs de police des capitaineries restent néanmoins de la responsabilité de l'Etat dans les plus importants d'entre eux.
L'exploitation du port est en règle générale confiée aux chambres de commerce par le biais de contrats de concession. Ceux-ci concernent notamment l'exploitation des outillages et équipements du port.

Pour en savoir plus : http://www.port.fr/presentation-ports-francais.html